不要用C++11特性开发R包
Don’t use C++11 features to develop R packages
这是个教训。在我开发seqminer的时候浪费太多时间了。希望其他人不要重复我的错误。
C++11有不少有意思的特性，但为什么不要在开发R包的时候使用C++11的特性呢（这里指R 3.2）？下面有一些原因。
1. 没有清晰的文档
R对于C++11的支持写的很模糊。你需要看两个文档，Wring R Extensions和R Installation and Administration。
第一个文档提到你需要CXX_STD，第二个文档提到CXX1XFLAGS。这时候你知道应该设置一些变量，但怎么设置？没有文档告诉你。
这里我找到一个方案，可以凑合用。你需要改configure.ac文件。不过你仍会碰到下面提到的第3个问题。
dnl https://github.com/cran/dfcomb/blob/master/configure.ac
dnl copy the following lines to configure.ac
AC_DEFUN([AX_GET_R_CONF_VAR],[$1=`"${R_HOME}/bin/R" CMD config $1`])
AX_GET_R_CONF_VAR([CC])
AX_GET_R_CONF_VAR([CFLAGS])
AX_GET_R_CONF_VAR([CPPFLAGS])
AX_GET_R_CONF_VAR([CXXCPP])
AX_GET_R_CONF_VAR([CXX1X])
AX_GET_R_CONF_VAR([CXX1XSTD])
AX_GET_R_CONF_VAR([CXX1XFLAGS])
AX_GET_R_CONF_VAR([CXX1XXPICFLAGS])
CXX="${CXX1X} ${CXX1XSTD}"
CXXFLAGS="${CXX1XFLAGS} ${CXX1XPICFLAGS}"
CXXPICFLAGS="${CXX1XXPICFLAGS}"
2. 跨平台支持很艰难
当你把包提交到CRAN时，很有可能在Solaris系统上出现编译或运行的错误。
如果你使用了C++11的功能，你可能想在自己安装Solaris试试。
从我的经验来看，Solaris11 + Solaris Studio 12.4环境比较好搭建。
但CRAN上用的是很老的Solaris10 + Solaris Studio 12.3。
如果你想搭建这个系统，你需要从源代码编译R，然后你会发现，编译不了！
我发现blas库无法被链接。因此你在提交R包到CRAN时，最好明确说，我不支持Solaris。
3. 支持Linux系统也会出问题
在Linux系统上，也许gcc的版本很新，可以支持C++11，但如果安装R的时候没有设置C++11需要的一些变量，你还是用不了。
比如Ubuntu系统里， R是用apt安装的，这个版本的R是默认不知道你有没有支持C++11的编译器的。
这就是说，你在开发时使用的R，CRAN上的R都可以安装你的包，但不保证你的用户能安装。
怎么知道你的R是否支持C++11呢？你可以运行“R CMD config”:
CXX1X C++ compiler command for C++11 code
CXX1XSTD flag used to enable C++11 support
CXX1XFLAGS C++11 compiler flags
CXX1XXPICFLAGS
special flags for compiling C++11 code to be turned into
a shared library
然后看一下CXX1X的值， “R CMD config CXX1X”，如果这个值是空的。默认情况下没法编译安装你写的R包（install.packages())。
顺便说一下： CXX1XXPICFLGS是一个笔误，正确的拼写是CXX1XPICFLAGS （不是两个XX）
解决方法：
先在shell下：
export CXX1X=”g++ -std=c++11″
export SHLIB_CXX1XLD=”g++ -std=c++11 -shared”
然后R里面就能用install.packages()安装了。
顺便说一下，SHLIB_CXX1XLD 没有写在手册里……
现在总结一下，如果你用了C++11的特性写R包，你会花很多时间读手册让R去选用合适的编译器，很难去支持CRAN上的老旧的Solaris，不能保证最终用户能够编译安装你的R包。
所以，我的建议的是，如果想让更多的人用你的R包，别折腾C++11的特性去适应R，还是写最portable的C++代码吧。