Day: March 5, 2015

设置代理服务器
Setting up proxy

出于对患者信息的保护，学校内网接入Internet时必须使用代理（Proxy）。
这令很多软件的安装使用过程变得复杂。

这个帖子会列出给常用软件设置代理的方法。

R

最直接的设置代理的方法是设置环境变量： http_proxy, https_proxy， 例如：

Sys.setenv(http_proxy="http://proxy.swmed.edu:3128")
Sys.setenv(https_proxy="http://proxy.swmed.edu:3128")

如果上述方法不起作用，也有可能需要：

# In R, a partial solution is to use:
options(download.file.method="wget")

这是在curl不能正常使用代理，但wget可以用的时候的解决方案。

还有一种情况是用devtools安装R的扩展包，可以用：

＃ For devtools
library(httr)
set_config(
  use_proxy(url="proxy.swmed.edu", port=3128)
)

如果Mac电脑上没有安装X11，装package时需要指定repository（来源），比如：

install.packages('RMySQL', repos='http://cran.us.r-project.org')

Docker

很多软件提供了Dockerfile。用户需要使用docker build来制作自己的容器（docker）。
如果在防火墙后面， 简单的方法是用（link）：

docker build 
  --build-arg https_proxy=$HTTP_PROXY --build-arg http_proxy=$HTTP_PROXY 
  --build-arg HTTP_PROXY=$HTTP_PROXY --build-arg HTTPS_PROXY=$HTTP_PROXY 
  --build-arg NO_PROXY=$NO_PROXY  --build-arg no_proxy=$NO_PROXY -t java .

另外一个方法是手动修改Dockerfile，加入ENV语句，例如：

ENV HTTP_PROXY http://proxy.swmed.edu
ENV HTTPS_PROXY http://proxy.swmed.edu
ENV http_proxy http://proxy.swmed.edu
ENV https_proxy http://proxy.swmed.edu
....