Jul 082013
 

让R更快
Speed up R

用R 3.0.1来做基准,用Rscript运行R-benchmark-25.R计时。

1) 基准时间:

197.16u 1.74s 199.71r 1703184kB 0 Rscript R-benchmark-25.R

之后下载OpenBLAS,编译,然后把编译好的libopenblas.so 替换R自带的libRblas.so.
2) 测试单线程的速度:

Single thread OpenBLAS

105.83u 108.53s 58.04r 3072256kB 0 Rscript R-benchmark-25.R

 

3) 下面试试四个线程:

Four threaded OpenBLAS

export OPENBLAS_NUM_THREADS=4

79.39u 23.67s 58.54r 2122688kB 0 Rscript R-benchmark-25.R
可以看出使用四个线程和一个线程耗时差不多一样。但如果细看矩阵计算时间(这里忽略),四个线程还是能提速不少的。
但是考虑到使用方便,一个线程在大多数情况下应该就够用了。